
Πολύ πριν η σύγχρονη Διώρυγα του Σουέζ ανοίξει το 1869 και ενώσει απευθείας τη Μεσόγειο με την Ερυθρά Θάλασσα, οι αρχαίοι ηγεμόνες της Αιγύπτου είχαν ήδη επιχειρήσει να ενώσουν αυτές τις δύο θάλασσες μέσω του Νείλου και ενός τεχνητού υδάτινου δίαυλου που έμεινε γνωστό ως Κανάλι του Φαραώ, αν και στην πραγματικότητα δεν ήταν έργο ενός μόνο Φαραώ, ούτε λειτούργησε αδιάκοπα από την αρχαιότητα μέχρι τον Μεσαίωνα. Ήταν περισσότερο μια σειρά από διαδοχικά έργα, εκσκαφές, επισκευές και επαναλειτουργίες, που ακολουθούσαν περίπου την ίδια διαδρομή η οποία άρχιζε από τον ανατολικό Νείλο, κοντά στην περιοχή της Βούβαστης, στο ανατολικό Δέλτα, έπειτα ακολουθούσε την κοιλάδα Ουαντί Τουμιλάτ προς τα ανατολικά, περνούσε προς τη λίμνη Τιμσάχ, τις Πικρές Λίμνες, και κατέληγε στην Ερυθρά Θάλασσα
Για την αρχαία Αίγυπτο, ο Νείλος ήταν η κύρια αρτηρία ζωής. Από αυτόν εξαρτιόταν η γεωργία, η μεταφορά αγαθών, η διοίκηση και η επικοινωνία ανάμεσα στην Άνω και την Κάτω Αίγυπτο. Η Ερυθρά Θάλασσα, από την άλλη, άνοιγε δρόμο προς την Αραβία, την Ανατολική Αφρική και, έμμεσα, προς τον Ινδικό Ωκεανό. Η σύνδεση αυτών των δύο κόσμων είχε τεράστια σημασία. Για ένα πλοίο που κατέφθανε στην Αίγυπτο από την Μεσόγειο, μέσω του Καναλιού άνοιγαν οι δρόμοι για το εμπόριο αρωμάτων, μπαχαρικών, πολύτιμων υλών, ξύλου, ελεφαντόδοντου και άλλων προϊόντων της Ανατολής.
Για το ποιος ήταν ο πρώτος που επιχείρησε να ανοίξει αυτόν τον υδάτινο δρόμο, οι αρχαίες πηγές και η σύγχρονη έρευνα δεν συμφωνούν απόλυτα. Εκτιμάται πως το πρώτο κανάλι στην περιοχή ανοίχθηκε περίπου τον 19ο αιώνα π.Χ. ως αρδευτικό κανάλι, πλεύσιμο κατά την περίοδο της πλημμύρας του Νείλου. Ωστόσο, όταν μιλάμε για το ιστορικά πιο βέβαιο έργο που συνδέεται με το Κανάλι του Φαραώ, το όνομα που εμφανίζεται συχνότερα είναι εκείνο του Νεχώ Β΄. Ο Νεχώ Β΄, Φαραώ της 26ης Δυναστείας, κυβέρνησε περίπου από το 610 έως το 595 π.Χ. Ήταν ένας ηγεμόνας με έντονο ενδιαφέρον για το εμπόριο και τη ναυτική ισχύ της χώρας.
Το έργο αυτό ήταν εξαιρετικά δύσκολο. Έπρεπε να διανοιχθεί μέσα από ημιερημικές περιοχές, να συντηρείται απέναντι στη λάσπη, την άμμο και τις μεταβολές της στάθμης του νερού, και να παραμένει πλεύσιμο σε μια περιοχή όπου η φυσική υδρολογία ήταν περίπλοκη. Ο Ηρόδοτος αναφέρει ότι ο Νεχώ ξεκίνησε το έργο, αλλά δεν το ολοκλήρωσε. Κατά την παράδοση, σταμάτησε την εκσκαφή επειδή ένας χρησμός τον προειδοποίησε ότι το κανάλι θα ωφελούσε τελικά έναν ξένο λαό και όχι τους ίδιους τους Αιγυπτίους. Πίσω από αυτήν την αφήγηση, πιθανότατα κρύβεται η πραγματικότητα ενός έργου τεχνικά δύσκολου και δαπανηρού.
Η επόμενη μεγάλη φάση συνδέεται με τον Δαρείο Α΄ τον Μέγα, βασιλιά της Περσικής Αυτοκρατορίας. Μετά την περσική κατάκτηση της Αιγύπτου, οι Πέρσες είχαν κάθε λόγο να ενδιαφέρονται για έναν υδάτινο δρόμο που θα ένωνε την Αίγυπτο με την Ερυθρά Θάλασσα και, μέσω αυτής, με τις ανατολικές επαρχίες της αυτοκρατορίας τους. Η στήλη του Chalouf που σήμερα βρίσκεται στο Μουσείο του Λούβρου καταγράφει το έργο αυτό ως βασιλική πρωτοβουλία του Δαρείου. Συγκεκριμένα αναφέρει:
«Είμαι ένας Πέρσης. Κατέλαβα την Αίγυπτο. Έδωσα εντολή να ανοιχθεί αυτό το κανάλι, ξεκινώντας από έναν ποταμό που ονομάζεται Νείλος και ρέει στην Αίγυπτο, μέχρι τη θάλασσα που έρχεται από την Περσία. Το κανάλι αυτό ανοίχθηκε όπως είχα διατάξει, και πλοία από την Αίγυπτο, χάρη σε αυτό το κανάλι, έπλευσαν μέχρι την Περσία, όπως είχα επιθυμήσει.»
Η συγκεκριμένη επιγραφή, ιστορικά, είναι ιδιαίτερα σημαντική καθώς δεν μιλά απλώς για πρόθεση ή απόπειρα, αλλά παρουσιάζει το κανάλι ως έργο που είχε ολοκληρωθεί και χρησιμοποιηθεί. Παρά ταύτα, οι αρχαίες πηγές δεν συμφωνούν απόλυτα. Ο Ηρόδοτος συνδέει τον Δαρείο με τη συνέχιση ή ολοκλήρωση του έργου, ενώ άλλοι συγγραφείς, όπως ο Αριστοτέλης, ο Στράβων και ο Πλίνιος, μεταφέρουν παραδόσεις σύμφωνα με τις οποίες το έργο εγκαταλείφθηκε λόγω φόβου ότι το θαλασσινό νερό θα εισχωρούσε στον Νείλο και θα κατέστρεφε το γλυκό νερό. Αυτή η ανησυχία ίσως βασιζόταν σε λανθασμένες αντιλήψεις για τη διαφορά στάθμης ανάμεσα στην Ερυθρά Θάλασσα και τον Νείλο.

Μετά την κατάκτηση της Αιγύπτου από τον Αλέξανδρο και την ίδρυση της δυναστείας των Πτολεμαίων, η ιδέα του καναλιού απέκτησε νέα σημασία. Η Αλεξάνδρεια έγινε ένα από τα μεγαλύτερα εμπορικά κέντρα του ελληνιστικού κόσμου. Η σύνδεση της Μεσογείου με την Ερυθρά Θάλασσα μπορούσε να ενισχύσει το εμπόριο με την Αραβία, την Ανατολική Αφρική και την Ινδία.Ο Πτολεμαίος Β΄ Φιλάδελφος φαίνεται πως επισκεύασε το κανάλι. Οι πηγές αναφέρουν ότι χρησιμοποιήθηκαν θυροφράγματα ή κάποια μορφή ελεγχόμενης διέλευσης, ώστε να προστατεύεται ο Νείλος από την είσοδο θαλασσινού νερού και να ρυθμίζεται η πλεύση. Το κανάλι αυτό στην πραγματικότητα δεν ήταν ένας ενιαίος υδάτινος δίαυλος. Επρόκειτο για ένα σύστημα καναλιών, φυσικών υδάτινων διαδρομών, λιμνών και τεχνητών επεμβάσεων, που λειτουργούσε καλύτερα σε ορισμένες εποχές, και δεν ήταν πάντα πλωτό για μεγάλα πλοία. Η λάσπη του Νείλου, η άμμος της ερήμου, οι εποχικές μεταβολές και η ανάγκη καθαρισμού πιθανότατα το έκαναν ευάλωτο. Ένα τέτοιο έργο δεν αρκούσε να κατασκευαστεί μία φορά. Έπρεπε να καθαρίζεται, να εκβαθύνεται, να προστατεύεται και να επιτηρείται. Όταν υπήρχε ισχυρή κεντρική εξουσία, το κανάλι μπορούσε να λειτουργεί. Όταν η διοίκηση αδυνατούσε ή όταν άλλαζαν οι εμπορικές και στρατιωτικές προτεραιότητες, το κανάλι εγκαταλειπόταν, προσχωνόταν και γινόταν δύσχρηστο.
Οι Ρωμαίοι, όπως και οι Πτολεμαίοι πριν από αυτούς, αντιλήφθηκαν τη σημασία της σύνδεσης του Νείλου με την Ερυθρά Θάλασσα. Το εμπόριο με την Ινδία και την Ανατολή είχε αποκτήσει μεγάλη σημασία για τη Ρωμαϊκή Αυτοκρατορία. Αιγυπτιακά λιμάνια της Ερυθράς Θάλασσας, όπως η Μυός Όρμος και η Βερενίκη, συνδέονταν με εμπορικές διαδρομές που οδηγούσαν στον Ινδικό Ωκεανό. Ο αυτοκράτορας Τραϊανός επανέσκαψε ή ανακατασκεύασε το παλαιό κανάλι στις αρχές του 2ου αιώνα μ.Χ. Το έργο αυτό έγινε γνωστό ως Amnis Traianus, δηλαδή «Ποταμός του Τραϊανού». Σύμφωνα με σχετικές περιγραφές, το κανάλι ξεκινούσε από την περιοχή της Βαβυλώνας της Αιγύπτου, κοντά στο σημερινό Παλαιό Κάιρο, και κατευθυνόταν προς το λιμάνι της Κλύσμας, κοντά στο σημερινό Σουέζ. Η ρωμαϊκή εκδοχή του καναλιού δεν ήταν απλώς αναβίωση ενός παλαιού αιγυπτιακού έργου. Εντασσόταν σε ένα ευρύτερο σύστημα εμπορικών και στρατιωτικών διαδρομών. Η Αίγυπτος ήταν ο σιτοβολώνας της Ρώμης, αλλά και πύλη προς την Ανατολή. Η δυνατότητα μεταφοράς εμπορευμάτων από τον Νείλο προς την Ερυθρά Θάλασσα είχε τεράστια πρακτική αξία. Ωστόσο, και αυτή η ρωμαϊκή φάση απαιτούσε συνεχή συντήρηση. Με την πάροδο των αιώνων, καθώς η Ρωμαϊκή και αργότερα η Βυζαντινή διοίκηση άλλαζαν προτεραιότητες, το κανάλι παραμελήθηκε. Η άμμος και οι αποθέσεις το έκαναν σταδιακά δύσχρηστο και εντέλει μη πλωτό.
Μετά την αραβική κατάκτηση της Αιγύπτου τον 7ο αιώνα μ.Χ., το παλαιό όραμα επανήλθε. Ο στρατηγός Άμρ ιμπν αλ-Άς, ο κατακτητής της Αιγύπτου για λογαριασμό του χαλιφάτου, φέρεται να διέταξε την επαναδιάνοιξη του καναλιού γύρω στο 641 μ.Χ. Το κανάλι ονομάστηκε Κανάλι του Ηγεμόνα των Πιστών ή Amir al-Mu’minin Canal. Η νέα ισλαμική εξουσία ήθελε να συνδέσει την Αίγυπτο με την Αραβία. Το κανάλι μπορούσε να χρησιμοποιηθεί για τη μεταφορά σιτηρών και εφοδίων από την πλούσια κοιλάδα του Νείλου προς την Ερυθρά Θάλασσα και από εκεί προς τη Χετζάζη, δηλαδή την περιοχή της Μέκκας και της Μεδίνας. Σε αυτή τη φάση, το κανάλι δεν ήταν απλώς εμπορικός δρόμος. Ήταν δρόμος ανεφοδιασμού. Η Αίγυπτος, με την αγροτική της παραγωγή, μπορούσε να τροφοδοτεί τις ιερές πόλεις της Αραβίας και να ενισχύει την πολιτική συνοχή του χαλιφάτου.
Η τελευταία σημαντική φάση λειτουργίας του Καναλιού φαίνεται να τελειώνει τον 8ο αιώνα μ.Χ. Η συνήθης χρονολόγηση της οριστικής διακοπής είναι γύρω στο 760 ή 767 μ.Χ., όταν ο χαλίφης Αμπού Τζαφάρ αλ-Μανσούρ διέταξε να φραχθεί με άμμο το κανάλι, ώστε να μην χρησιμοποιείται για τον ανεφοδιασμό επαναστατημένων περιοχών στην Αραβία.
Μετά από αυτή την απόφαση, το κανάλι δεν επαναλειτούργησε ποτέ. Ορισμένα τμήματα κοντά στο Κάιρο συνέχισαν για κάποιον καιρό να έχουν τοπική χρήση ως υδάτινες αρτηρίες, αλλά η μεγάλη σύνδεση Νείλου και Ερυθράς Θάλασσας χάθηκε, και η πρόσβαση από την Μεσόγειο προς την Ερυθρά Θάλασσα ήταν αδύνατη, μέχρι το 1869 όπου έγινε η διάνοιξη της Διώρυγας του Σουέζ.